Метод Slide-seq создает карты клеточных взаимоотношений в тканях с высоким разрешением без использования микроскопа. Новая методика, разработанная учеными из Института им. Броада в Массачусетском технологическом институте и Гарварде, дает беспрецедентное представление о клеточной организации тканей. Этот метод, известный как Slide-seq, использует генетическое секвенирование для построения подробных трехмерных карт тканей, показывающих не только разнообразие типов клеток, но и то, где они расположены и какие функции выполняют.

Трехмерная реконструкция девяти кубических миллиметров гиппокампа мыши, 

профилированных с помощью Slide-seq (цвета обозначают разные типы клеток)

© Macosko/Chen labs

Поскольку в данном случае не требуется специализированное оборудование для визуализации, эта технология может использоваться учеными в различных областях биологии, генетики и медицины, которые хотят посмотреть на клеточную структуру тканей или наблюдать, где конкретно в ткани, органе или даже целом организме действуют определенные гены.

Такая платформа предлагает беспрецедентные представления о клеточной структуре тканей, о роли, которую играют гены в различных тканях, а также о последствиях травм или других возмущений для ткани, предоставляя исследователям богатые схемы функций тканей.

Техника начинается с покрытого резиной предметного стекла или «шайбы», которая заполнена микрочастицами, или «бусинками», с уникальными штрих-кодами ДНК. Ученые последовательно генерировали данные, которые позже позволяют пользователям определять, откуда происходит чтение последовательности в массиве «бусинок».

Чтобы продемонстрировать возможности инструмента, команда использовала Slide-seq для локализации типов клеток в мозжечке и гиппокампе в мозге мыши, выделяя подробные структуры, включая слой клеток толщиной в одну клетку. Применив Slide-seq к срезам мозжечка мыши, команда выявила полосы изменения активности генов в ткани, паттерны, которые указывают пространственно определенные субпопуляции, которые не были обнаружены при использовании традиционного метода секвенирования отдельных клеток.

Исследователи также продемонстрировали, что наложение ряда кусочков ткани может выявить трехмерную организацию ткани и клеточную функцию, генерируя анимированную трехмерную реконструкцию гиппокампа мыши, которую можно настраивать для отображения различных типов клеток или экспрессии отдельных генов.

Статья опубликована в журнале Science

Источник: scientificrussia.ru